基因测序在乙肝精准治疗中的应用

上一篇文章《乙肝离肝癌有多远？》中，小诺和大家探讨了乙肝与肝癌的关系。其中提到为了预防乙肝癌变需要进行积极有效的抗病毒治疗。今天，小诺给大家介绍下基因测序在乙肝精准治疗中的应用。

HBV分型与治疗

乙型肝炎病毒（HBV）根据DNA序列的差异主要分为A-H八种基因型。其中，我国以B型和C型为主（分别为41%和53%），B型主要分布于南方，C型多见于北方、中原地区。HBV基因型与疾病进展和治疗有关，B型患者对干扰素（IFN-α）治疗应答率高于C型；另外，与B型相比，C型更容易发展为肝硬化和肝癌。因此，C型患者更应严格控制乙肝病毒数量。

HBV耐药突变

除了免疫治疗（如上文提到的干扰素），乙肝患者临床上应用最多的抗病毒药物是核苷类药物，如拉米夫定、阿德福韦酯等。这类药物通过抑制HBVDNA聚合酶的活性，终止病毒DNA的合成和复制，具有明显的抗病毒疗效。但长期服用可诱导HBV基因发生突变，失去对HBVDNA聚合酶的抑制作用，产生耐药。

目前报道的6种核苷类似物药物在中国人群中常见的耐药基因突变位点有18个，其中——

1）与拉米夫定耐药有关：rtVL、rtLP、rtLM、rtAV、rtMV/I/S、rtVM/I/L、rtST；

2）与阿德福韦酯耐药有关：rtAV/T、rtKE、rtQS、rtNT、rtPH、rtNT/D、rtVA；

3）与恩替卡韦耐药有关：rtVL、rtLM、rtTA/G/I/S、rtSG/I、rtMV/I/S、rtMV；

4）与替比夫定耐药有关：rtMV/I/S；

5）与替诺福韦酯耐药有关：rtAT/M；

6）与恩曲他滨耐药有关：rtVL、rtMV/I/S、rtLM。

图1HBVDNA聚合酶RT区耐药突变

HBV分型与耐药分析

由此可见，HBV分型与耐药分析对于乙肝的精准治疗具有重要意义。接下来，小诺就手把手跟大家一起来进行HBV的分型与耐药分析。

选区并测序

如图2所示，研究表明对于A-H八种基因型的不同亚型，使用HBV基因组全长（A）或HBVDNA聚合酶RT区（B）均可实现准确的HBV分型。此外，由于HBV耐药突变均发生在RT区，故只需对RT区进行基因测序即可同时实现分型与耐药分析。

图2使用HBV全长或RT区进行分型

HBVRT区长度为bp，共编码个氨基酸。研究报道可以在RT区上下游保守区域设计引物进行sanger测序。

图3HBVRT区sanger测序

工具分析

获得测序序列后，有两个工具可提供分型与耐药分析，分别为NCBIGenotyping和斯坦福大学HBVseq。

NCBIGenotyping分析

NCBIGenotyping操作界面如图4，选择数据库为HBV，输入测序序列，点击“Subtype”提交即可。结果如图5所示，NCBIGenotyping将输入序列与数据库中A-H基因型分别进行比对，给出相似性打分。本例中的分型结果为D型。

图4NCBIGenotyping操作界面

图5NCBIGenotyping结果

斯坦福大学HBVseq分析

斯坦福大学HBVseq操作界面如图6，输入测序序列，点击“ANALYSE”提交即可。结果如图7所示，除了分型结果，HBVseq还利用自带的耐药突变数据库对测序序列进行注释，给出更丰富的分析结果。

图6HBVseq操作界面

图7HBVseq结果

以上就是本次分享内容，若有任何疑问或是需要咨询的话欢迎随时联系我们，永诺生物优秀团队提供专业生物科研服务、整体解决方案。下期再见！

更多精准医疗文章回复

↓↓↓

“精准医学”

即可查看

永诺健康服务咨询

欢迎致电

↓↓↓

-

永诺生物原创作品，转载请注明出处

长按指纹，







































北京白癜风治疗去哪里
白癜风有治吗